一、居民楼擅自改造排污管道应该找哪个部门？

这个是不用向那个部门提出申请的。

因为你改造排污管道也是肯定为了自己侍用方便而才弄的了。但改造只能在居民楼院子里。出了居民楼到了路上就得市政申请J。

二、物业擅自在小区里改造垃圾房，该找哪个部门来处理？

应该找居委解决吧，如果居委不能解决市政府的有关部门应该可以投诉吧，比如市政府的投诉网上应该也可以反应这件事吧

三、业主擅自拆改商品房飘窗并改造成封闭阳台的行为影响邻居正常生活，是否违法?属哪个职能部门管辖？

法院起诉可以索要赔偿，去房管局执法大队举报可以责令其恢复原状，并有可能对其罚款。