武汉船舶学院是一所以船舶工程为特色的高校，其最好的专业应该是船舶与海洋工程专业。该专业涵盖了船舶设计、船舶制造、船舶动力与自动化等方面的知识，培养学生成为具备船舶设计、制造、维修和管理能力的专业人才。

随着航运业的发展，船舶与海洋工程专业的就业前景广阔，毕业生可以在造船厂、船级社、船舶设计院等单位就业，也可以从事船舶维修、船舶管理等工作。

此外，武汉船舶学院还有其他专业如船舶电子电气工程、港口航道与海岸工程等，也是学校的优势专业之一。